La actividad acuática más popular en Heraklion es el windsurf, debido a las constantes olas de la costa norte de Creta. El lugar favorito de los surfistas es la playa de Malia (a unos 35 kilómetros de Heraklion), donde se encuentra Dolphin Water Sports.
La playa de Amoudara, junto al hotel Dolphin Bay, alberga una escuela de windsurf.
La playa de guijarros de Palekastro (a 12 kilómetros de Heraklion) es ideal para bucear, ya que el mar es profundo y muy claro. En el pueblo de Agia Pelagia hay un gran centro de buceo (Instituto Europeo de Buceo).
En la playa de Amoudara se imparten clases de esquí acuático y wakeboard en Heraklion (30-50 EUR por 3,5 kilómetros). Allí también se puede alquilar una canoa o practicar snorkel (10-15 EUR).
