Dado que Heraklion es la capital de Creta, los precios del alojamiento aquí son un poco elevados (por el mismo dinero en la costa sur u oeste de la isla se pueden encontrar opciones más interesantes). El coste medio del alojamiento en Heraklion en la zona centro es de 70-120 EUR (por noche en un hotel doble en Heraklion de 3-4 estrellas), también se pueden encontrar hoteles de 3 estrellas de clase turista (hasta 80 EUR por noche) o alojarse en un hotel de 2 estrellas (40-50 EUR).
Una noche en uno de los hoteles de playa de gama media costará entre 25 EUR (en apartahoteles) y 70-80 EUR. Una noche en hoteles con todo incluido costará entre 90 y 140 EUR. El alojamiento más económico en Heraklion es en apartamentos bajo la ciudad (25-60 EUR).
Como exótico cretense, le recomendamos alquilar una habitación en un botel - tendrá a su disposición varios camarotes, una cocina, un baño y una zona para invitados en un barco amarrado (algunos hoteles, por ejemplo, el M/Y Andrieta, ofrecen productos de desayuno gratuitos). Un placer así cuesta entre 150 y 700 EUR.