La principal característica del clima de Heraklion es su variabilidad. De finales de marzo a noviembre, la temperatura oscila entre +22°C y +35°C, mientras que en invierno el termómetro puede bajar de +18°C a +10 °C en un solo día. El verano en Heraklion es muy seco y caluroso (en los barrios montañosos de la ciudad es un poco más fresco), el invierno es suave, pero con lluvias constantes. En comparación con otros centros turísticos de la ciudad, las temperaturas medias de invierno y verano en Heraklion son 2-3 grados más bajas que en el sur (pero la temperatura del mar es más o menos la misma en todas partes de Creta).
La vegetación y la vida animal de Heraklion.
La vida en Heraklion es escasa: gatos, perros y ruidosas cigarras en los arbustos de adelfas. Para ver fauna más exótica hay que ir a los alrededores. Por ejemplo, en las montañas, el mundo animal de Heraklion está representado por cabras salvajes, tejones y muchos lagartos, que literalmente pululan por las rocas. La vegetación de Heraklion es mucho más diversa (como Creta es una isla, aquí se ha formado un ecosistema aparte). La vegetación local típica incluye cipreses (¡la madera de Heraklion se utilizaba antaño para construir barcos para los faraones egipcios!), palmeras, los mayores plátanos de Europa, árboles frutales y acacias.