Funchal, como toda la isla de Madeira, está situada en la zona subtropical. El clima de Funchal se caracteriza por veranos moderadamente calurosos e inviernos lluviosos.
El tiempo en Funchal de junio a agosto es poco imprevisible: si la previsión para una semana o 14 días promete una temperatura de +23-25°C, es probable que así sea.
Una característica distintiva del tiempo de Funchal es la ausencia de diferencias apreciables entre las temperaturas del aire y del agua, sobre todo en otoño e invierno. Por ejemplo, de enero a marzo, durante 3 ó 5 días, la temperatura del agua y del aire pueden ser prácticamente las mismas, en torno a +15-18°C.
La temperatura media anual del aire en Funchal oscila entre +18 y +23°C, y la del agua en el océano Atlántico, entre +17 y +23°C.
Vegetación y fauna de Funchal
Madeira es un tesoro de plantas relictas. Alrededor del 20% de la isla está cubierta por la laurisilva, un bosque único de árboles de laurel prehistóricos que está bajo la protección de la UNESCO. Entre las plantas más comunes de la isla y específicamente de Funchal se encuentran musgos y helechos. Es interesante destacar que de la gran variedad de plantas, alrededor de 120 especies son endémicas, es decir, solo se encuentran en este lugar.
En cuanto a Funchal, la ciudad está adornada durante todo el año con flores de orquídeas, magnolias y azaleas. No obstante, el símbolo de la ciudad es el aromático hinojo silvestre, que crece en cada rincón.
En lo que respecta a la fauna, en Funchal se pueden observar con frecuencia la paloma Columba trocaz y lagartijas. Entre los habitantes del mar, los más comunes en la zona costera son el pez sable negro, el pez lagarto y las tortugas marinas.