Es difícil saber si existen verdaderas estaciones lluviosas en Isquia Ponte y en la propia isla de Isquia. Las temperaturas empiezan a bajar en septiembre, que aún se considera un periodo estival. El tiempo sigue siendo cálido y el otoño es aterciopelado. En marzo se producen tormentas.
Cuando comienza la temporada de lluvias en Isquia Ponte la gente empieza a abandonar el complejo. Esto suele ocurrir a finales de octubre. Las lluvias alcanzan su punto álgido a finales de otoño, con sólo unas pocas horas de sol al día, y el oleaje puede llegar a ser muy frío y feroz.
Los inviernos son suaves, con temperaturas que descienden a unos +6-7°C por la noche y apenas se producen heladas. Es posible que se registren ocasionalmente 0°C bajo cero en la cima de las colinas. Diciembre es el mes con más precipitaciones, que caen durante todo el día. Las nubes bajas cubren el cielo y el mar Tirreno alcanza hasta dos metros de altura. En otras épocas, sin embargo, el mar es suave y tranquilo, aunque eso depende mucho de la playa que se elija. En la pequeña playa de Cava Grado, por ejemplo, siempre hay olas y pueden superar el metro de altura.
Flora y fauna
Gracias a su rica vida vegetal, la isla de Isquia Ponte recibe el nombre de isla esmeralda o verde. La vegetación de Isquia Ponte representa toda la riqueza de la región del sur de Italia. Incluye mirtos y limoneros, palmeras, arbustos de hoja perenne y plantas con flores que florecen todo el año. Basta con subir a las laderas del volcán inactivo Monte Epomeo para descubrir toda la diversidad del paraíso natural de la isla.
En la isla se cultivan muchas flores exóticas. También encontrará cítricos, eucaliptos, olivos y coníferas. En los parques termales, hay una alfombra de plantas que adornan las estructuras arquitectónicas. Entre ellas, jazmín perfumado, manzanilla, geranios, rosas y muchas otras.
La fauna de Isquia Ponte y sus alrededores no es muy diversa. Esto puede atribuirse a la naturaleza volcánica de la isla y a la actividad humana. A los pies del monte Epomeo, se pueden encontrar ovejas y cabras, criadas por pastores locales. Golondrinas, lavanderas, zorzales y jilgueros pueblan las arboledas circundantes, mientras que las aves marinas anidan en los acantilados. También se pueden encontrar aquí halcones depredadores.