Honfleur cuenta con un sistema de transporte público bastante modesto. La ciudad dispone de una única línea circular de autobús que conecta los principales barrios e incluye 36 paradas. El billete cuesta entre 1 y 2 EUR, según el recorrido, lo que hace que moverse por la ciudad sea accesible y cómodo, especialmente si no piensa utilizar taxis.
Además de los autobuses, en Honfleur operan varios servicios de taxi — Allo Taxi Honfleurais, Taxi Pascal y Alain Taxi. Los taxis resultan prácticos para desplazamientos nocturnos o si viaja con equipaje, aunque sus tarifas son notablemente más altas en comparación con los autobuses.
A pesar de la compacidad de la ciudad, las arterias de transporte conectan Honfleur con París y Le Havre. Se puede llegar tanto en autobús como en tren. Esta cercanía a las grandes ciudades convierte a Honfleur en un excelente punto de partida para excursiones y viajes cortos por Normandía.
