Situada en la costa occidental de la bahía de Mirabello, Agios Nikolaos ofrece a sus visitantes temperaturas agradablemente cálidas en el mar de Creta desde abril hasta finales de octubre.
Ya en mayo, la temperatura del agua sube a +22°C, alcanzando los +25°C durante los meses de verano. En septiembre y agosto, la temperatura media del mar de Creta sube a +26°C, a menudo reflejando la temperatura del aire.
