Estonia cuenta ahora con servicios aéreos regulares tanto a las regiones nacionales como a muchas ciudades de otros países. Algunos de los aeropuertos internacionales de Estonia tienen un pasado soviético. Tras la separación de Estonia de la URSS, las pistas, los edificios administrativos y las flotas de aviones y vehículos de estas instalaciones se renovaron para adaptarlos a requisitos más modernos.
Los mayores y principales aeropuertos de Estonia en este país son los siguientes: